Do třetího kola již zasáhne pětice týmů, které reprezentovaly český fotbal v evropských soutěžích. Tedy Slavia, Sparta, Jablonec, Plzeň a Slovácko. 

Do třetího kola se naopak nezapojí severočeský Liberec. Vítěz poháru z let 2000 a 2015 nestačil v druhém kole na Zbuzany. Naopak další prvoligové celky nezaváhaly – dál jde Mladá Boleslav,  po výhře nad Vyšehradem, Olomouc zdolala Uničov a Bohemians rozstříleli Sokolov 6:0.

Až po prodloužení si zajistili postup Baník Ostrava či Pardubice. Gólem v závěru si zajistila postup do třetího kola také druholigová Dukla, která porazila Spartu Kolín 2:1.

Třetí kolo si naopak nezahraje jiný druholigový tým z Prahy – Viktoria Žižkov. Ta hrála druhé kolo v Zápech. Utkání skončilo 1:1 po gólech domácího Janka a hostujícího Bazala. V penaltovém rozstřelu pak uspěl třetiligový domácí tým Záp. 

V rámci druhého kola zbývá odehrát ještě několik zápasů. Baník Most s Příbramí hraje 7. září. O den později jsou na programu zápasy Chlumec nad Cidlinou - Chrudim, Vítkovice - Třinec a Loko Vltavín - Ústí nad Labem. Velké Meziříčí přivítá Opavu až 14. září.