Z třetího kola nepostoupily dál dva prvoligové celky. Karviná podlehla druholigové Viktorii Žižkov 0:2. V závěru programu třetího kola Bohemians nestačili na třetiligový Chlumec nad Cidlinou, kterému podlehli svěřenci trenéra Martina Haška 1:2. Chlumec vyřadil již druhý provligový celek v této sezóně, když vyřadil v předchozím kole Příbram. 

Do osmifinále naopak suverénně prošla Slavia po výhře 8:0 nad Vyšehradem. Dál šly i další prvoligové celky včetně Sparty, Plzně či Sigmy Olomouc. 

Mezi osmifinalisty postoupily pražští zástupci z druhé ligy Dukla s Viktorií Žižkov. Prvně jmenovaný tým porazil Domažlice, Žižkov vyhrál nad Karvinou. 

Výsledky 3. kola MOL Cupu:

Úterý 24. září:

  • 16:00 Benešov - Slovácko 1:3, Sokolov - Opava 0:1
  • 16:30 Varnsdorf - Zlín 1:2

Středa 25. září:

  • 16:00 Vltavín - České Budějovice 1:4, Domažlice - Dukla Praha 1:3, Slavia Praha - Vyšehrad 8:0 , Karviná - Žižkov 0:2, Hlučín - Plzeň 1:3.
  • 17:00 Jihlava - Sparta Praha 1:2,
  • 17:30 Liberec - Prostějov 3:1,
  • 18:00 Ostrava - Hradec Králové 2:0.

Úterý 1. října:

  • 16:00 Mladá Boleslav - Chrudim 4:2
  • 16:30 Jablonec - Zbrojovka Brno 3:2
  • 17:00 Teplice - Třinec 2:1, Olomouc - Líšeň 4:2.

Středa 2. října:

  • 16:00 Chlumec nad Cidlinou - Bohemians Praha 1905 2:1.